Unikátní profesní knihovnu buduje VÚRH již od svého založení v roce 1921. Převzal i knihovní fondy tvořené na výzkumných rybářských a hydrobiologických stanicích již od konce 19. století. Hlavními tématickými okruhy jsou rybářství, akvakultura, ichtyologie, hydrobiologie, vodní toxikologie a další. V současné době se zde nachází cca 13.650 knih, 10.700 separátů a 2.080 vyvázaných časopisů (ročníků). Výměnou nebo nákupem se získává 43 titulů českých i zahraničních periodik.