Mlynářství se již od středověku řadí k tradičním řemeslům provozovaným na Vodňansku. Král Přemysl Otakar II. daroval roku 1260 pražskému klášteru u sv. Jiří mezi jiným zbožím i tři mlýny na řece Blanici u Krašlovic.

S rozvojem panských velkostatků od přelomu 15. a 16. století se mlynáři podle vztahu k vrchnosti rozdělili na dvě skupiny. V mlýnech náchlebních pracovali mlynáři za plat a naturální odměnu. Jejich povinností bylo odvádět výmelné (měřičné) z obilí, které poddaní dávali k semletí. Většinou to byla jedna čtvrtce, tj. 1/16 strychu (strych byl asi 93 litrů). Ve mlýnech pronajatých nájemník zaplatil určitou částku a zavázal se k předepsaným peněžitým či naturálním dávkám. Za účelem zajištění si dalších pravidelných příjmů zavedli v jižních Čechách Rožmberkové pro své poddané v polovině 16. století povinnost nuceného mletí v přikázaném mlýnu a jejich příkladu následovaly další vrchnosti. K jejímu zrušení došlo až v r. 1789.

Od poloviny 14. století se začaly v českých městech zakládat řemeslné cechy, sdružující řemeslníky stejných nebo příbuzných řemesel. Na všechny mlynáře od r. 1340 dohlíželi "přísežní mlynáři pražští". Kontrolovali správné míry mlýnských jezů, dohlíželi na technický stav mlýnů a vydávali znalecké posudky v oboru vodního hospodářství. O činnosti podobné komise ve Vodňanech se dochovala písemná zpráva z r. 1574. Poslední obhlídka zdejších mlýnů a jezů staršími přísežnými mlynáři z Prahy proběhla r. 1708. Tuto funkci převzal v závěru 18. století stát.

K městu Vodňanům náležela téměř celá desítka mlýnů. Mlynářský cech byl tady založen roku 1650 přijetím stanov, znaku - ferule, korouhve a zavedením společné pokladnice. K jeho povinnostem mj. patřilo vybírání poplatků a udržování pořádku na trzích. Ve Vodňanech měli svůj cech také mlynářští tovaryši, kteří po vyučení museli projít zkušební dobou - "jít na zkušenou". Délku této praxe určovaly cechovní artikule a pohybovala se kolem tří let.

Živnostenský řád z r. 1859 přikazoval ustavení živnostenských společenstev, která v nových podmínkách nahrazovala zrušené cechy. R. 1883 vytvořili společně vodňanští a blatenští mlynáři, řezníci, sládci, lihovarníci, pekaři a krupaři potravní společenstvo. Vlastní mlynářské společenstvo bylo založeno v r. 1907. Mlynáři v tomto období sami kupovali obilí a své mleté výrobky prodávali. R. 1873 nechal František Koželuh přestavět svůj Karáskův mlýn ve Vodňanech na novou technologii, užívanou od konce 18. století v Severní Americe. Stavěly se velké mlýny s dokonalým čistícím zařízením a melivo se převáželo v kapsových výtazích. Byl jedním z prvních tzv. "amerikánských - uměleckých" mlýnů na Strakonicku.

Mlynářství se potýkalo s různými problémy. Během 1. světové války si obyvatelé vzhledem k malým povoleným kvótám často sami mleli obilí v domácích šrotovnících a ručních mlýncích. Ve 30. letech 20. století neunesla řada mlýnů tlak konkurenčního prostředí. Během 2. světové války mlynáři nejednou ve snaze pomoci mleli nepřihlášené obilí. Trestem za tento přestupek bylo uzavření mlýna, vězení i smrt. Vodňanský mlynář Karel Mayer byl během války dvakrát vězněn. Josef Pomej byl odsouzen k 7 letům vězení a v r. 1945 zemřel v pracovním táboře ve Waihingenu. Změna společenských a hospodářských podmínek ve 40. letech 20. století přinesla nejen zánik malých mlýnů, ale i jejich nové využití především jako hospodářské budovy.

Na počátku 21. století se staly mlýny vyhledávanými objekty pro rekreaci. Jsou v nich budovány hotely, penziony i zdravotní zařízení - ve Vodňanech takto slouží Zelenků (dnes Karas) a Loucký mlýn.