Krátce po listopadu 1989 vzniklo v Praze občanské sdružení, které navázalo na práci podzemních teologických a filosofických kroužků z doby předchozí. U jeho zrodu stálo mnoho významných osobností, jež dnes působí v různých sférách kultury a vědy, v církvích, ve státní správě i na scéně politické.
Ty také rozhodly o tom, že prvním prezidentem takto vzniklé Křesťanské akademie Praha se stal známý katolický teolog, filosof, obhájce lidských práv a politický vězeň Prof. ThDr. Josef Zvěřina. Ten však již v srpnu 1990 zemřel a jeho nástupcem byl zvolen Prof. PhDr. Dr. Tomáš Halík, jeden z nejvýznamnějších žáků J. Zvěřiny. Jeho volba byla opět potvrzena v roce 1993, kdy bylo také sdružení přejmenováno na Českou křesťanskou akademii a poté znovu v roce 1999.

Česká křesťanská akademie chce v křesťanském duchu pomáhat rozvoji svobodné české společnosti na poli kultury, politiky a ekonomie. Je to nezávislé sdružení občanů, které je otevřeno nejenom křesťanům všech církví, ale i lidem, kteří cítí odpovědnost za uplatňování křesťanských kulturních a morálních hodnot ve společnosti. Je nestátní, neziskové a nadstranické. Žije z členských příspěvků a darů. Ve všech oblastech své činnosti spolupracuje ČKA s řadou zahraničních partnerů.

Nejvyšším řídícím orgánem ČKA je akademický výbor, jenž sestává z členů prezidia ČKA a přestavitelů odborných sekcí a místních skupin. Akademický výbor zasedá nejméně dvakrát do roka. Mezi zasedáními akademického výboru je ČKA řízena prezidiem.

Česká křesťanská akademie má více než 1800 individuálních členů sdružených v 74 místních skupinách. Kolektivními členy akademie jsou Asociace kolegií katolických lékařů, Svatojosefská společnost pro Poličku a okolí, Společnost pro církevní právo, Křesťanské občanské sdružení ve Vsetíně a Vysokoškolské katolické hnutí Praha. V rámci ČKA také pracuje např. Unie katolických žen.

Již samotné vyjmenování sekcí dobře ilustruje šíři záběru akademie. V ČKA působí: teologická, historická, právní, politologicko-ekonomická, přírodovědná a technická, ekologická, uměnovědná, literární, psychoterapeutická, pedagogická a sociálně výchovná a sekce pro česko-německé vztahy.

Česká křesťanská akademie uspořádala za více než deset let své existence již stovky přednášek na nejrůznější témata. V poslední době se snaží, aby tyto přednášky dávaly dohromady dlouhodobější cykly. Dále pořádá semináře, konference, kolokvia, uměnovědné zájezdy. Některé z těchto akcí se již stávají novou tradicí. K profilovým akcím ČKA patří každoročně se konající Dny Josefa Zvěřiny , které nabízejí otevřený a přátelský prostor pro vnitrocírkevní dialog. Další významnou akcí jsou Mariánsko-lázeňské rozhovory, které jsou pořádány ve spolupráci s organizací Ackermann-Gemeinde a jsou orientovány na otázky česko-německých vztahů. ČKA také v roce 1995 zahájila práce na rozsáhlém sociologicko-historickém výzkumném projektu Církev ve svobodné společnosti, který byl inspirací pro mezinárodní projekt Aufbruch.

Zvláštní kapitolu v činnosti ČKA tvořilo vydávání knih. Od roku 1990 totiž vydala v několika edičních řadách přes 40 knižních titulů domácích a zahraničních autorů. ČKA dále vydává časopis Universum (revue přírodovědecké a technické sekce) a Revue církevního práva.

ČKA v roce 1996 přijala od Arcibiskupství pražského odpovědnost za správu Centrální katolické knihovny, která zachycuje vývoj teologie a filosofie v uplynulých 35 letech. ČKA zprostředkovává křesťanským studentům stipendia na zahraničních universitách a stála u zrodu nedávno vzniklé vyšší odborné školy publicistiky, jež by měla připravovat budoucí pracovníky sdělovacích prostředků s důrazem na široké kulturní vzdělání a novinářskou etiku.

Česká křesťanská akademie sídlí v emauzském klášteře v Praze (Vyšehradská 49, 128 00 Praha 2 - tel. 224 917 210, e-mail: cka@omadeg.cz). Každý kdo má zájem o podrobnější informace, chce přispět radou či pomocí, je vítán. Může se též obrátit na některé z místních skupin v těchto městech: Aš, Bohumín, Brandýs nad Labem - Stará Boleslav, Čáslav, Česká Třebová, České Budějovice, Český Krumlov, Domažlice, Duchcov, Dvůr Králové nad Labem, Havlíčkův Brod, Hodonín, Hradec Králové, Humpolec, Chrudim, Jeseník, Jihlava, Kadaň, Jindřichův Hradec, Karlovy Vary, Klatovy, Kroměříž, Kyjov, Ledeč nad Sázavou, Liberec, Litomyšl, Mladá Boleslav, Moravská Třebová, Most, Náchod, Nová Paka, Pardubice, Pečky, Pelhřimov, Písek, Plzeň, Polička, Praha 6,
Prachatice, Prostějov, Přerov, Příbram, Rožmitál pod Třemšínem, Rožnov pod Radhoštem, Strakonice, Strážnice, Sušice, Světlá nad Sázavou, Tábor, Tachov, Třebíč, Třeboň, Týn nad Vltavou, Ústí nad Labem, Valašské Meziříčí, Veselí nad Lužnicí, Vodňany, Vrchlabí, Vsetín, Vysoké Mýto, ostrov Nelson.