Děkanský, postaven ve slohu vrcholné gotiky v 1. polovině 15. století mistrem Jaklíkem a jeho synem Václavem na místě starší stavby, vzniklé snad současně s městem. V 80. letech 16. století byla přistavěna severní loď se zpěváckou kruchtou a předsíň. Kostel značně poškodil požár města r. 1722, poté restaurován. Patrně v té době byly na kostelní věži namalovány znaky města Vodňan, Království českého a tehdejšího děkana Vokouna. V letech 1894 – 1897 regotizován R. Stechem podle návrhů J. Mockera. Tehdy chrám vyzdoben uvnitř nástěnnými freskami, vně na renesančních štítech sgrafity a okna v presbytáři vitrážemi podle návrhů M. Alše a pořízeno do něj pseudogotické zařízení. Na klenbě nad hlavním oltářem jsou namalováni čtyři vodňanští kapři. Alšovy návrhy spolu s částmi někdejšího barokního mobiliáře se nacházejí ve sbírkách vodňanského městského muzea a galerie. Na 64 metrů vysoké věži visí 6 zvonů, z nichž největší jménem Marek byl ulit r. 1725. U jižní strany kostela stojí misijní kříž z r. 1853. Vedle něho je u věže v dlažbě vyznačena památka na zvon jménem Jan, který se roztříštil při snímání pro válečné účely r. 1917.