Im Jahre1895 veranstaltete man mit Hilfe der Schriftsteller J. Zeyer, F. Herites und O. Mokrý eine ethnographische Ausstellung in Vodňany, wo die ersten Sammlungen für die zukünftigen Museumssammlungen entstanden.

Die erste Ausstellung war dann erst nach zehn Jahren in den Räumen des Rathauses. Der erste Direktor des neuen Stadtmuseums war der Lehrer Haštal Mostecký, der große Verdienste bei der Entwicklung des Museums zwischen den zwei Weltkriegen hatte.

Seit dem Jahre 1959 benutzt das Museum die Räume der ehemaligen Synagoge.