Die Kirche im Baustil der Hochgotik wurde in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts gebaut. Der Baumeister hieß Jakl und bei dem Bau der Kirche half ihm sein Sohn Václav. In den 80. Jahren des 16. Jahrhunderts wurden noch das nördliche Kirchenschiff mit dem Kirchtor und die Vorkirche da zugebaut. Die Kirche wurde während des großen Feuers der Stadt im Jahre 1722 weitgehend zerstört und danach wurde sie wieder renoviert. Wahrscheinlich in dieser Zeit wurden auf dem Kirchturm die Wappen der Stadt Vodňany gemalt d.h. die Wappen des Königreiches Böhmens und des ehemaligen Dechanten Vokoun.

In den Jahren 1894 -1897 wurde die Kirche nach den Bauplänen von J. Mocker von R. Stech neu umgebaut. Damals wurde die Kirche innen mit Wandbildern ausgeschmückt, außen waren auf den Renaissancegiebeln Sgraffitomalereien und die Fenster im Presbyterium wurden nach den Entwürfen von M. Aleš gemalt. Auf dem Gewölbe über dem Hauptaltar sieht man vier Vodňanyer Karpfen. Die Entwürfe des Malers M. Aleš befinden sich zusammen mit Teilen des ehemaligen Barockmobiliars in den Sammlungen des Vodňanyer Stadtmuseums und der Stadtgalerie. Im Kirchenturm, der 64 m hoch ist, hängen sechs Glocken, die größte Glocke trägt den Namen Marek und sie wurde im Jahre 1725 gegossen. Auf der südlichen Seite der Kirche steht das Missionskreuz aus dem Jahre 1853. Neben dem Kreuz im Pflaster beim Turm liegt die Gedenktafel an die Glocke Jan. Diese Glocke wurde im Jahre 1917 für Kriegzwecke heruntergenommen.